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自然人电子税务局扣缴端申报个税的步骤如下：
1、使用账号与密码登录电子申报系统；
2 、点击“申报缴纳 ”，进入申报画面；
3 、在申报画面中点击“个人所得税明细申报 ” ，进入个人所得税申报界面；
4、点击“缴税”按钮 ，进行缴税；
5、个人所得税申报完成；
6 、也可以选择前往税务厅自行缴纳 。
自然人电子税务局扣缴端个税申报的影响因素：
1 、纳税人身份：不同身份的纳税人在申报个税时享受的税收优惠政策可能不同；
2、收入来源：收入的种类和来源会影响个税的计算方式和税率；
3 、扣除项目：包括基本扣除 、专项扣除、专项附加扣除等，这些扣除项目会直接影响应纳税额；
4 、税率表：根据个人所得税法规定的税率表来计算应纳税额；
5 、申报时间：申报个税需要在规定的时间内完成 ，逾期可能会受到处罚；
6、地区政策：不同地区可能有不同的税收政策和申报要求 。
综上所述 ，自然人电子税务局扣缴端申报个税的步骤包括登录电子申报系统，进入申报画面 ，点击个人所得税明细申报 ，进行缴税，最后完成个人所得税申报 ，也可以选择前往税务厅自行缴纳。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》
第十一条
居民个人取得综合所得 ，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款；需要办理汇算清缴的 ，应当在取得所得的次年三月一日至六月三十日内办理汇算清缴。预扣预缴办法由国务院税务主管部门制定 。居民个人向扣缴义务人提供专项附加扣除信息的 ，扣缴义务人按月预扣预缴税款时应当按照规定予以扣除，不得拒绝 。非居民个人取得工资 、薪金所得，劳务报酬所得 ，稿酬所得和特许权使用费所得 ，有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次代扣代缴税款 ，不办理汇算清缴。
法律分析：打开个人所得税APP ，在首页点击“专项附加扣除填报”或点击“我要办税 ”，再点击“专项附加扣除填报 ” ，然后选择需要填报扣除的信息即可 。提示：专项附加扣除的信息纳税人每年提交一次即可 ，个人所得税专项附加扣除，是指个人所得税法规定的子女教育 、继续教育、大病医疗 、住房贷款利息或者住房租金 、赡养老人等六项专项附加扣除 。
子女教育：是指子女处于学前教育阶段或接受全日制教育相关的支出 ，按照每个子女每月1千元的标准扣除。
继续教育：纳税人在中国境内接受学历（学位）继续教育的支出 ，在学历（学位）教育期间按照每月400元定额扣除
大病医疗：在一个纳税年度内，纳税人发生的与基本医保相关的医药费用支出 ，扣除医保报销后个人负担累计超过15000元的部分 ，由纳税人在办理年度汇算清缴时，在80000元限额内据实扣除 。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》 第三条 个人所得税的税率：
（一）综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率（税率表附后）；
（二）经营所得 ，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率（税率表附后）；
（三）利息、股息、红利所得 ，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得 ，适用比例税率 ，税率为百分之二十 。
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